まずクロマチン断片化とChIPで最適な結果を得るためには凍結させず新鮮なサンプルを用いるのがベストです。密でコンスタントな断片の分布が得られ、効率的・特異的な免疫沈降の結果が得られます。
もしサンプルの凍結が避けられないときは以下のタイミングで行ってください。
組織：処理した組織の採取直後、あるいはクロマチン断片化後
培養細胞/単離細胞：細胞のクロスリンク後、クロマチン断片化前、あるいは断片化後
以下のQ&Aもご確認ください。
Q. ChIP実験を後で行うため、クロマチンを保存したいのですが、細胞・組織サンプルはどのように保存すればよいですか？
Q. 超音波処理後のクロマチンは凍結保存できますか？凍結保存する場合、凍結前にプロテアーゼ阻害剤を加える必要はありますか？
Q. 超音波処理後のクロマチンを冷凍保存する際、液体窒素で急速冷凍したほうが良いですか？それとも-80℃に保存するだけでよいですか？
Q. 事前にクロスリンク（固定化）・冷凍した細胞をソニケーションテストに用い、実際の実験を新鮮な細胞を使用しても良いですか？冷凍した細胞と新鮮な細胞で断片化の条件は変化しますか？
Q. 細胞サンプルの凍結は-80℃が良いですか？-20℃での凍結でも大丈夫ですか？
