通常どの実験に於いても、固定化なしの条件は実験上適していません。CUT&Tagの初出論文においても実験対象はヒストン修飾とCTCFでした。
また、多くの転写因子において発現量が少ない、DNAへの結合が一過性あるいは弱い、DNAやクロマチンに間接的に結合しているなどの事象が認められます。このような場合、タンパク質-DNA相互作用を検出するためにはクロマチンのクロスリンクが必須です。
更に、多くのChIPグレード抗体はクロスリンク条件でのエピトープ認識について検証されており、ネイティブのエピトープを認識しない可能性があります。
従って、ChIPをCUT&Tagにスイッチする際は、抗体がネイティブな状態での目的エピトープに対し十分な特異性と感度を有しているか検証することが必要です。
CUT＆Tagで検証済みの抗体リストについて、弊社で取り扱っているものを下のURLにお示しいたしますので、是非ご覧ください。
https://www.diagenode.com/en/categories/cut-and-tag-antibodies
