プローブソニケーターはPicoruptorなどが出回る前から広く使用されており、原理的に同じような断片化クロマチンを得ることができます。
しかしながら、実用的にはプローブソニケーターでは超音波の波動がプローブの先端で特に強く、サンプル液中で拡散するとともに伝播が弱くなることなどの欠点もあります。
このことにより、均一な破砕結果が得られない、局所的にサンプル温度が上昇し、そのためにサンプルのエピトープに損傷が生じる、などの事象につながります。
また、プローブソニケーターはサンプルに直接接触するためコンタミネーションリスクもあります。
Picoruptorは水浴を介してチューブ中のサンプルを処理でき、音波の伝播が均一になるよう工夫され再現性のある超音波処理が可能なためお勧めできるソニケーターです。
ChIP-seqに於いてもより再現性のある結果が得られるため、実験成功の確率も増加します。
