一つの方法としては、「測定限界外」のCt値を仮に「＞40」として値に40を取ることです。
すなわち、Ct=40をPCRサイクルで増幅が得られないサンプルとして定義します。
この値に基づき、サンプルの測定値を比較Ct法などを用いて相対定量計算を行います。
ここから言えるのは、サンプル測定値 vs. IgGコントロールによる正規化は通常ChIP-qPCRでは必要ないということです。
ChIP-qPCRでは免疫沈降サンプルのCtはインプットによって正規化されるのがより実用的です。
IgGのqPCRシグナルは通常免疫沈降シグナルよりかなり低く、全く検出されない場合もあるため、Ctを用いた正規化の計算には不向きと言えます。
特異性の評価については、別にIgGをインプットによって正規化したデータを使用して示すのが適しています。
