ChIP-qPCRでIgGを用いたネガコンのCt値が得られないのですが、測定値はコントロールに対してどのようにプロットすればよいのですか?



【FAQ】ChIP-qPCRでCt値が得られないサンプルの場合



一つの方法としては、「測定限界外」のCt値を仮に「>40」として値に40を取ることです。

すなわち、Ct=40をPCRサイクルで増幅が得られないサンプルとして定義します。

この値に基づき、サンプルの測定値を比較Ct法などを用いて相対定量計算を行います。

ここから言えるのは、サンプル測定値 vs. IgGコントロールによる正規化は通常ChIP-qPCRでは必要ないということです。

ChIP-qPCRでは免疫沈降サンプルのCtはインプットによって正規化されるのがより実用的です。

IgGのqPCRシグナルは通常免疫沈降シグナルよりかなり低く、全く検出されない場合もあるため、Ctを用いた正規化の計算には不向きと言えます。

特異性の評価については、別にIgGをインプットによって正規化したデータを使用して示すのが適しています。



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