５）ステップ5
定量PCR分析
注：各プライマーペアについて、免疫沈降したサンプルおよびネガティブIgGコントロールの横にインプットDNAの反応を行ってください。
IPしたDNAと対応するINPUT（ステップ4）のアリコートをとり、ChIP-seqグレードの水を用いてそれらを1/10に希釈します。
以下のようにqPCRミックスを調製します（付属のコントロールプライマーペアを使用して反応量20μlとする）。
・10倍量の2×SYBR®Green qPCRマスターミックス
・1μlのプライマー対
・4μlの水
・5μlの希釈された免疫沈降またはインプットDNA
次のPCRプログラムを使用してqPCRを実施します
注：これらの条件は、マスターミックスの種類、使用したqPCRシステム、およびユーザー提供のプライマーペアに応じて、最適化が必要な場合があります。
| ステップ | 時間・サイクル数 | 温度 | |
| 1. 変性 | 3-10分* | 95℃ | |
| 2. 増幅 | 30秒 | 40サイクル | 95℃ |
| 30秒 | 60℃ | ||
| 30秒 | 72℃（蛍光データ取得） | ||
| 3. 融解曲線** | qPCRマシンの製造元の推奨条件に従ってください | ||
* ホットスタート用Taqポリメラーゼの活性化時間に関するサプライヤーの推奨事項をご確認ください
**プライマー対が単一の特定の産物のみを増幅することを確実にするために、qPCRマシンの製造元が推奨するプロトコルに基づいて融解曲線の確認、検査を実施してください
免疫沈降したDNAおよびインプットサンプルの、各プライマー対に対するqPCRの対数増幅期の閾値サイクル（Ct値）を記録します
インプットDNAと比較した免疫沈降したDNAのコントロール領域の相対量（％回収率）を計算します
ポジティブコントロールの結果について、バックグラウンドが低く、期待される濃縮が見られた場合は、適切なキットやプロトコル（iDeal ChIP-seq for Histonesには含まれていません）を使用してライブラリ調製に進んでください。
iDeal ChIP-seq for Histonesの自動化および手動プロトコルは、Illumina® HiSeq Next-GenシーケンサーにおけるChIP-seqにおいて検証済みです。
Illumina®シーケンサーと互換性のあるライブラリ作製のために、MicroPlex Library Preparationキットv2（カタログ番号C05010012、12個のインデックス、またはC05010014、48個のインデックス）またはiDeal Library Preparationキットx24（インデックスプライマーセット1を含む） （カタログ番号C05010020）などのDiagenode製キットを使用されることを推奨します。
